Объясните как считать заработную плату по договору?

В трудовом договоре указывается размер, в данном случае, оклада по вашей должности согласно штатке. т. е. это ваш доход.
с дохода вы платите налог.
таким образом при получении 12000 вы должны оплатить налог 13%, но это делает за вас работодатель, и на руки вы получаете уже с вычетом - 10 440.