Закончился срок аттестации рабочих мест. спецоценку еще не провели. каковы основания для продолжения/остановки выплат?

Не в том направлении думаете, можно даже сказать - в антинародном направлении.

согласно ст 147 тк рф и здравому смыслу, основанием для наличия выплат за вредные условия труда являются не результаты соут, а наличие вредных условий труда, а соут их лишь выявляет.
при этом, проведение соут является обязанностью работодателей ( n 426-фз), и те кому отменят выплаты смогут ссылаться на то, что выплаты были отменены в результате нарушения работодателем данной обязанности. и тогда с высокими шансами дело кончится тем, что до проведения новой соут все выплаты по результатам старой будут восстановлены, не произведённые выплаты выплачены с процентом, а сам работодатель будет оштрафован за нарушение своих обязанностей в соответствии со ст 14.54. коап рф.