Есть основная работа, есть работа по совместительству.

Командировку оформляет работодатель.
если он отправляет в командировку внешнего совместителя, то она оформляется и оплачивается так же, как и командировка основному работнику (ст. ст. 167, 287 тк рф).
кроме того, в постановлении правительства о направлении в служебные командировки, есть п. 9 -работнику, работающему по совместительству, при командировании сохраняется средний заработок у того работодателя, который направил его в командировку. в случае направления такого работника в командировку одновременно по основной работе и работе, выполняемой на условиях совместительства, средний заработок сохраняется у обоих работодателей, а возмещаемые расходы по командировке распределяются между командирующими работодателями по соглашению между ними.