Как оформить сотрудника в штат, если он в другом городе?

В соответствии с абз. 2 ч. 2 ст. 57 трудового кодекса рф в трудовом договоре обязательно должно быть указано место работы - т. е. организация, в которой работает работник. в трудовом договоре могут быть предусмотрены дополнительные условия, в частности, рабочее место. эти понятия различны.
местом работы работника является конкретная организация, с которой у него заключен трудовой договор, а рабочим местом - подразделение, куда он должен прибыть или где находиться в связи с работой. трудовое законодательство не содержит требований указывать конкретное рабочее место в трудовом договоре.
иными словами, если в договоре не указано рабочее место, то никакого нарушения нет. вы можете указать место работы г. москва в качестве доп. условия.
p/s это если в москве у вас нет подразделения или филиала (в противном случае работник принимается для работы в филиале, представительстве или ином обособленном структурном подразделении организации, расположенном в другой местности, и тогда указывается место работы с указанием обособленного структурного подразделения и его местонахождения).