Как ограничить генерального в некоммерческом партнерстве?

Это не противоречит закону, но бесполезно. Даже если будет такая формулировка в уставе, то перед заключением сделки контрагента нужно быть обязательно уведомлять о наличии такого положения в уставе. А директор этого может и не сделать, и заключить сделку. А если он этого не сделает, то: Статья 174. Последствия ограничения полномочий на совершение сделки Если полномочия лица на совершение сделки ограничены договором либо полномочия органа юридического лица - его учредительными документами по сравнению с тем, как они определены в доверенности, в законе либо как они могут считаться очевидными из обстановки, в которой совершается сделка, и при ее совершении такое лицо или орган вышли за пределы этих ограничений, сделка может быть признана судом недействительной по иску лица, в интересах которого установлены ограничения, лишь в случаях, когда будет доказано, что другая сторона в сделке знала или заведомо должна была знать об указанных ограничениях. Вы бы лучше записали это положение в договор, который заключается с директором, и предусмотрите ответственность в виде неустойки или еще какую-нибудь ответственность, чтобы он сам не захотел заключать сделки, не соответствующие условием такого договора. А с точки зрения отношений с третьими лицами положения Вашего устава бесполезны. Согласование или не согласование сделки само по себе никак не повлияет на ответственность руководителя при банкротстве. Для наступления ответственности важен другой юридический состав.