Профсоюзная проверка... что они имеют право проверять, если первичка всего 9 работников из 100?

Внимательно прочитайте статью 370 ТК РФ (А еще лучше - всю главу 58 ТК РФ). Профсоюз - это представитель работников (ст. 29 - 30 ТК РФ) и он наделен немалыми полномочиями по вопросам охраны труда и социальной защите работников, и имеет право в этих целях проводить соответствующие проверки. А работодатель не может препятствовать их деятельности, в противном случае он будет привлечен к ответственности в соответствии со ст. 378 ТК РФ. И численность вашей первичной профсоюзной организации здесь не имеет никакого значения (3 человека - уже профсоюзная организация)