Как мне оплатят учебный отпуск, если я до н.вр. проработал на этом месте 2 месяца

Насчитают сколько положено - по среднему. срок вашей работы на расчет не повлияет. просто это был намек, что с вас доплаты снимут: возможно не начислят их за уже проделанную работу. в сфере образования любят это делать, т.е. превращать доплаты в рычаг экономического порабощения работников.