Как поступить?

Прежде всего попытайтесь связаться с этой московской организацией и напомнить им про должок. Лучше одновременно и по телефону, и письменно. Но если уверены в том, что расчёт вам задерживают злонамеренно, то отправьте почтой исковое заявление в суд по месту нахождения организации. В заявлении укажите все обстоятельства, в том числе и то, что вы находитесь в Омске. Суд в этом случае может рассмотреть дело без вашего участия, может поручить данную проверку прокуратуре или Гострудинспекции. Но думаю, что как только "запахнет жареным", московская организация сразу же переведет вам причитающиеся деньги (по почте или на ваш счет в банк), чтобы потрясти платежкой перед гострудинспекторм, прокурором или судьей. Срок обращения в суд еще не пропущен (3 месяца, ст.392 ТК РФ), но и не затягивайте. Удачи!