При оплате командировки в выходные дни в расчёт берутся рабочие или календарные дни

Суточные рассчитываются и начисляются за календарные дни, заработная плата при этом начисляется, как и при обычном рабочем режиме, за рабочие дни, т.е. в случае нахождения в командировке в выходные дни, вы получите за них суточные, а зарплату - только за рабочие.