Сколько дней должны вычесть у меня из отпуска,если я 12 дней был на больничном

Если у вас оплачиваемый отпуск 28 дней, то время нетрудоспособности входит в стаж дающий право на отпуск независимо от длительности лечения (ст. 121 ТК РФ). Если ваш отпуск состоит из основного-28 дней + дополнительный за особые условия труда, который предоставляется пропорционально времени отработанному в этих условиях, то конечно, длительность основного не меняется (остается 28 дней), а дополнительный отпуск будет рассчитан пропорционально, т.е. в общей сложности отпуск будет меньше. На сколько дней сказать невозможно, т.к. неизвестно какой продолжительности у вас дополнительный отпуск и сколько дней вы отсутствовали на работе (не только по болезни) в течение рабочего года.