Работаю по трудовому кодексу в компании, предложили уволиться по собственному желанию в связи с реорганизацией

Работодатель не прав. Заявление на увольнение не пишите. В соответствии со ст.75 ТК РФ при изменении подведомственности (подчиненности) организации, а равно при ее реорганизации (слиянии, присоединении, разделении, выделении, преобразовании) трудовые отношения с согласия работника продолжаются. При отказе работника от продолжения работы в реорганизованном предприятии, трудовой договор прекращается в соответствии с п.6 ст.77 ТК РФ.