Работодатель потерял заявление на учебный отпуск

Здравствуйте, произошла ситуация, 26.08.19 мною было написано заявление на учебный отпуск, вместе с ним была справка-вызов, отдала работодателю. сам учебный отпуск у меня с 16.08.19 по 28.09.2019, я спокойно живу, думаю у меня все отлично, насторожило то, что не было выплат по отпуску, ну, думаю, может после отпуска выплатят ( не судите строго, я всех нюансов по выплатам еще не знаю, маленькая глупая). но сегодня 24.09.19 мне поступил звонок с информацией о том, что мое заявление вместе со справкой потеряли, нужно срочно писать новое, заново брать справку (и это первый вопрос: могут ли в деканате повторно выдать справку вызов?), срочно ехать на работу, в общем тратить время (я же специально для этого писала заявление аж за 3 недели до отпуска, чтобы повторно с этим возиться, особенно когда итак не хватает времени. а еще суть в том что документально я работаю в этой организации до 30.09.19, отпускные мне еще не выплачены, я как бы ожидаю последних выплат за переработки, премию и зп. ну и наконец-таки вопрос, выплатят ли мне этот отпуск? что делать, если не выплатят? почитала некоторые законы, где прописано, что работодатель обязан выплатить все отпускные дни за 40 дней суммарно за год ( то есть если больше дней получилось по учебному отпуску, то не судьба), но в моей ситуации как раз таки только 21 день вышел по учебному отпуску.