Если я ип трудоустроюсь на работу в тоо как сотрудник с ип, то кто будет отчислять налоги и прочее?

Если заключите трудовой договор с ооо как физ. лицо, то ооо будет уплачивать за вас, как за физ. лицо, страховые взносы в фонды и удерживать с вашего заработка 13% ндфл, но это ни как не освободит вас от обязанности уплачивать взносы в те же фонды, как ип и отчетность по своему ип вы будете сдавать не зависимо от трудовой деятельности по трудовому договору.
если вы заключите договор гпх с ооо как ип, то ооо за вас ничего уплачивать не будет