При приеме нового сотрудника на работу в середине года, имеющего детей. какие документы должна оформить организация,

Организация должна оформить приказ о приеме на работу и трудовой договор, работник должен предоставить документы, указанные в ст. 65 тк рф.
если работник пожелает воспользоваться своим правом на стандартный налоговый вычет, то обратиться в бухгалтерию с соответствующим заявлением и приложит документы, подтверждающие его право на этот вычет: св-ва о рождении детей и справку ф. 2-ндфл за текущий год. воспользоваться правом на вычет или нет - это личное дело работника.