Как не платить штраф за опоздание, работаю в ооо, если я откажусь его платить законно ли вычитать из з/п?

Штраф как наказание трудовым кодексом вообще не предусмотрен. у вас работа в компании организована не по законам, а по понятиям. и ты эти правила принял - согласился получать "черную" зарплату и не платить налоги. поэтому, если хочешь продолжать такие отношения - плати штраф. можешь уволиться. можешь конечно и в гострудинспекцию написать или в суд подать. неприятности руководству создашь большие, но сам ничего не выиграешь. вообще раз ты налоги не платишь, было бы разумно запретить и в суд тебе обращаться - почему вместо тебя за содержание суда и т. п. должны платить мы?