Подскажите, делается ли отчисление в пф (кроме ндфл 13%) с договора подряда?

Что за проблемы?
с сумм вознаграждений, выплачиваемых по дгпх оказания услуг (выполнения работ), страховые взносы в пф и ффомс исчисляются в обычном порядке.
страховые взносы в фсс не начисляются в соответствии с пп. 2 п. 3 212-фз.
что касается страховых взносов в фсс, то согласно п. 1 ст. 5 125-фз они уплачиваются, только если это предусмотрено договором.
если под дгпх "скрывается" трудовой договор, т.е. он имеет признаки трудового договора, тогда есть опасность признания дгпх трудовым и доначисления стр.взносов.
налоговые органы очень часто пытаются переквалифицировать договора гпх в трудовые даже на том основании, что одними и теми же работниками выполняются одни и те же работы с определённой периодичностью. а после "переквалификации" придётся заплатить штрафы за уклонение от уплаты налогов.
во избежание переквалифицирования договора нужно избегать признаков трудового договора в дгпх - указание в договоре трудовой функции, режима труда и других правил внутреннего трудового распорядка.