Непройденный бегунок . может ли непройденный бегунок стать причиной для невыдачи трудовой и расчёта?

Такого документа "бегунок" трудовым кодексом не предусмотрено. поэтому, это можно расценить как произвол работодателя и нарушение статьи 140 тк РФ. а за это уже его можно привлечь к административному наказанию.