Я считаю,что мне неправильно начислили зарплату и отпускные.Есть ли независимая инстанция,которая может это проверить?

При наличии всех документов, расчетный лист, трудовой договор, желательно табеля, приказ о приеме на работу, приказ об увольнении, Идете в аудиторскую фирму в вашем городе, либо в фирму которая оказывает бух. услуги. пусть пересчитают. Если действительно не правильно, тогда прокуратура и труд инспекция.