Чем мне как работодателю грозит задержка с выплатой з/п на два дня.

Бред. налоговая, фсс не начисляют за это штрафы. и трудовая инспекция ничего не сделает - они оштрафовать смогут только через суд, а это не тот случай. грозит одно- придется определенное время потратить, что бы копии документов сделать и объяснение написать. и увольняйте, что б другим неповадно было.