Переход в другой отдел был через увольнение и прием на работу в тоже юр лицо.

Если был переход, почему вас уволили, а не оформили переводом? если бы была реорганизация, то конечно сделали бы соответствующую запись в трудовой книжке. а если вас, как вы написали, уволили и вы заново оформились, то и отпуск согласно тк рф будет - либо через полгода половину можете взять, либо отгулять полностью весь через год. кодекс вобщем посмотрите про отпуска.