Какие санкции применяют при ненадлежащем исполнении работником своих обязанностей по гражданско-правовому договору?

Странно. кажется вас "дурят" дело в том, что скорее все это не трудовой договор, а гражданско - правовой, т.е. вы оказываете услугу, что вы сами и написали. в вашем случае докладная на водителя - не основание для привлечения его к дисциплинарной ответственности, что возможно только в рамках трудовых отношений. определитесь с договором, т.к. это важно очень. если как вы написали договор на водительские услуги, то могут потребовать только от вас возмещение убытков (реальный ущерб и упущенную выгоду) . ущерб вряд ли, а вот упущенную выгоду могут попробовать. повторюсь - последнее возможно только в рамках гражданско - правового договора