Живу в одном городе, езжу на работу в другой.Работодатель оплачивает проезд,но удерживает подоходный налог.Законно?

Удерживает НДФЛ с компенсации проезда? Ну считает это Вашим доходом и выступает в качестве налогового агента. Хотя он не прав, конечно. Ему это нужно считать компенсацией работнику и включать это в свои расходы для прибыли. Но Вам-то какая разница? Даже лучше. Ему при таком подходе приходится значит страховые платежи с этих сумм в фонды платить. И если расходы фактически Вам возмещаются, то вы в шоколаде.