Недостача. возможно её всю не платить?

Если действительно очень большая сумма, то можно вообще не платить до решения суда.
то есть, говорите работодателю, что не будете выплачивать без решения суда. пусть он идёт в суд.
но если суд присудит таки вам платить, то к сумме прибавятся ещё и судебные издержки.
поэтому есть смысл сходить сначала в юридическую консультацию (по трудовым спорам).