Может ли работодатель выдать новое направление на профосмотр где не будет стоять вредный фактор физические нагрузки?

Не может. если в вашей работе присутствует вредный фактор, то работодатель должен знать можете вы работать в предложенных условиях или нет, для того вы и мед. комиссию проходите. если мед. комиссия даст заключение о необходимости исключить указанный вредный фактор, то работодателю придется поискать для вас другую работу, либо, если ничего подходящего не найдется, то уволить.
если работодатель не укажет вредные факторы вашей работы, а ваше здоровье ухудшится, то кому вы начнете претензии предъявлять? естественно, работодателю, а ему этого совсем не надо, потому он и желает получить медицинское заключение о вашей профпригодности с учетом имеющихся вредных факторов.