Декрет и целевое обучение.

Здравствуйте. во время учёбы в мед. институте заключала с министерством здравоохранения договор. после окончания интернатуры устроилась в црб, указанную в договоре. отработав 4 месяца ушла на 3 года в декрет.
по договору я должна отработать 3 года и действие договора заканчивается по выполнению обязательств.
в моем договоре не указано, что декрет в этот срок не входит. а вот в новых договорах есть пункт: договор действует до истечения
установленного срока трудовой деятельности ( с учётом приостановления исполнения обязательства гражданина по осуществлению трудовой деятельности в случаях, предусмотренных законодательством рф.) (что как раз включает сюда декрет)
позвонив в министерство, мне сказали, что декрет не входит, есть приказ и я обязана или отработать или оплатить штраф.
если в моем договоре это не прописано - должны ли они засчитать декрет в срок отработки?