Имеет ли работодатель сделать вычет за один раз, а на частями?

Ст. 138 тк рф в данном случае не применяется, в тк рф речь идет об удержаниях из зарплаты таких как излишне выплаченные суммы зарплаты, недостачи, удержания по исполнительным документам, а никак не о недоимке по ндфл. порядок уплаты ндфл регламентируется налоговым кодексом, а не трудовым.
вы не исполнили свою обязанность по уплате ндфл, зная, что инвалидность с ребенка снята вы не уведомили об этом бухгалтерию (хотя, они и сами могли отследить по предоставленной вами ранее справке) и продолжали в течение 3х месяцев (июль, август, сентябрь) получать на 1560 руб. больше, теперь то, что получили лишнее придется вернуть в бюджет.
в данном случае бухгалтерия должна применить нормы ст. 226 нк рф и удержать не более 50% от суммы выдаваемой на руки.