Скажите пожалуйста, что делать сотруднику, если начальник сказал: пошел вон! и повторил два раза?

Некомпетентность и грубость это разные вещи.

если начальник вам грубит, хамит и просто ведет себя не уважительно, то вы всегда можете написать жалобу на вышестоящее руководство. или, если такового не имеется, или оно закрывает на это глаза, вы можете обратится в трудовую инспекцию и написать свою жалобу туда.
а бывает, что ответ грубостью на грубость, тоже исправляет ситуацию. правда это редкий случай.