Если вместо начальника в документе напротив его фамилии расписывается его заместитель - это имеет юридическую силу?

Речь идет о полномочиях конкретного должностного лица в отдельно взятой организации.
руководителю организации предоставлено право наделять подчиненных полномочиями. а уж каким способом он это сделает - утверждение должностной инструкции, указание в трудовом договоре, утверждение внутренних положений, издание приказа о распределении функционала или разового распоряжения - это по его выбору, и детально законом не регламентируется. потому как принцип диспозитивности действует.
и будет расписываться заместитель или иное уполномоченное лицо, или будет использовано факсимиле - тоже внутреннее дело организации.
любой документ может быть представлен в суд и суд сам даст свою оценку каждому доказательству. в том числе - имеет ли юридическую силу эта подпись. после анализа всех документов о полномочиях. здесь вы их не приводите, потому и мы давать оценку юридической силе не будем, недостаточно сведений.