Должны ли вычитать подоходный налог с сотрудников и идут ли отчисления в пенсионный фонд?

работать на неполную ставку (в том числе и на 1/3) можно не только по совместительству, а и по основному месту работы. (статья 93.
по соглашению между работником и работодателем могут устанавливаться как при приеме на работу, так и впоследствии неполный рабочий день (смена) или неполная рабочая неделя)
в соответствии с ч. 3 ст. 133 тк рф месячная заработная плата работника, полностью отработавшего за этот период норму рабочего времени и выполнившего нормы труда (трудовые обязанности), не может быть ниже минимального размера оплаты труда.
если работник работает неполное рабочее время, то соответственно не будет нарушением платить ему з/п ниже установленного мрот. то есть в случае, когда работник в месяц не выполняет норму труда на полную ставку, обеспечение мрот осуществляется пропорционально отработанному им времени. (в данном случае не менее 1/3 от мрот ( либо минимальной заработной платы, установленная региональным соглашением субъекта рф)
автору вопроса: если вы устроены официально, трудовой договор заключен, то налоги удерживают с з/пл (размер её не важен), а отчисления в пф работодатель обязан делать.