Как правильно должны оплачивать использование личного авто на работе?

Размер компенсации самостоятельно определяется договаривающимися сторонами (ст. 421 гк рф). однако зачастую работодатель предлагает регламентированный правительством рф размер компенсации, который равен 1200 руб. в месяц для автомобилей с объемом двигателя до 2000 куб. см и 1500 руб. в месяц для автомобилей с объемом двигателя более 2000 куб. см вне зависимости от степени износа автомобиля - пробега, расхода гсм, ремонта и т. п. (постановление правительства рф от 08.02.2002 n 92). это объясняется тем, что компенсацию в таком размере работодатель может учитывать в расходах при исчислении налога на прибыль организации. о ней вы и пишите.
в соглашении же можно многое учесть и размер компенсации за использование автомобиля, и за износ (амортизацию), возмещение затрат, связанные с эксплуатацией автомобиля (например, затраты на гсм) (ст. 188 тк рф) и т. д.