Имеет ли право работодатель

Имеет, но при выполнении существенных условий.
во-первых, с вами должен быть заключен договор материальной ответственности. либо такое условие должно быть установлено в трудовом договоре.
во-вторых, вы должны при этом относится к той группе должностей, которая непосредственно имеет дело с деньгами или товарами (другими ценностями).
в-третьих, вы должны быть виновным в недостаче. по закону это означает, что:
- эти самые продукты, недостачу которых на вас вешают, были вам переданы непосредственно каким-то документом, на котором есть ваша подпись;
- ваша работа связана с использованием, перевозкой или хранением продуктов;
- имеется вина (прямая или косвенная) в их недостаче.
в числе всего прочего это еще значит, что вы должны были участвовать в инвентаризации (поставить подпись под актом), факт недостачи должен был расследоваться (комиссия, объяснительная с вас и тому подобное).
взыскание недостачи зависит и от того, какой вид ответственности предусмотрен договором. так, если ответственность полная, то взыскивать имеют право полную стоимость продуктов, а если ограниченная - то не больше среднего заработка. причем в любом варианте с каждой зарплаты имеют право удерживать не больше 20 %.

а теперь по поводу вопроса, заданного в комментарии.
нет, такое удержание полностью незаконно. сумма, которую "учреждение должно было (кому должно и с чего бы это?!) за месяц" - это возможный доход работодателя. взыскивать с работников упущенную выгоду или неполученные доходы работодатель не имеет права, даже в том случае, если работник прямо виноват.
запрет на взыскание неполученного дохода содержится в статье 238 трудового кодекса