Стоит ли подавать в суд на работодателя? или после этого тяжело будет устроиться на работу?

Если есть серьезные основания - например не выплата зарплаты, то стоит конечно.
даже если работодатель уволил вас по статье на которую у него не было основания, то суд отменит это решение и все в дальнейшем у вас будет в порядке. поэтому все зависит от предмета "разборок".
к тому же, если суд вы выиграйте, то можно будет компенсировать все судебные тяжбы (в т. ч. и расходы на адвоката) за счет работодателя.