Подскажите пжл, если мой работодатель платит мне зп 40 тр, удерживает с этой суммы 13%,

По закону не существует такого понятия как "необлагаемый налогами бонус".
называя вещи своими именами: вы с работодателем договорились использовать "серую зарплату", т. е. официально отражать ваш доход в минимальной зарплате и налоги исчислять с неё, а фактически - платить больше. тем самым вы и ваш работодатель сознательно занижаете доходы и уплачиваете в бюджет меньшую сумму налогов, нарушая закон.
5 250 - существует законно, а все остальное - по понятиям, к которым закон отношения не имеет.
но ваш работодатель оказался ещё тем жуком, который даже понятия нарушает, т. е. параллельно он решил еще и вас обуть и отщепнуть себе "денежку малую" - 13 % от суммы, которую вы с ним совместно договорились от государства скрыть. это, конечно, "по понятиям" - очень плохо, но причем тут суд и закон?
нет у вас законного основания для искового заявления в суд, потому что нет законного существования зарплаты в 40 тысяч. по закону - а для суда это договор - у вас зарплата в 5 250 и только. доказать, что фактически зарплата выше можно (хотя и сложно) , но это будет означать, что вашему работодателю придется доплатить пенсионному фонду, а вам лично - налоговой инспекции (те самые 13 % подоходного, которые сейчас до бюджета не доходят).