Квалификация машинист холодильных установок но по факту работал на аммиачной установки. такой записи нет.что делать?

Непонятно, что вам дает такая запись? ваш льготный стаж так и так должны были учитывать независимо от записи. поинтересуйтесь в пфр, что подавал на вас работодатель. если подавал льготный стаж - зачем вам такая запись? в трудовую записывают должность в соответствии со штатным расписанием (!). ни в одном штатном не видел должность "машинист аммиачных ...". только "рефмашинист", "машинист рефрижераторной установки", "машинист холодильной установки" и т.п.