Можно ли признать отдельные положения договора подряда недействительными?

О протоколе разногласий, который вам присоветовал д. с. - это не годится в случаях .когда договор уже заключен. протокол разногласий составляется только на проект договора. если он уже подписан и вступил в действие - только дополнительное соглашение. если вы твердо уверены, что некоторые положения договора противоречат императивным нормам закона (то есть тем, которые стороны не могут изменить по своему усмотрению) - то можно и не судиться - они и так не будут иметь юридической силы. если же вы хотите признать недействительными диспозитивные нормы закона (то есть те, которые стороны вправе изменить по своему усмотрению) - можно расслабиться и закурить, вы договор подписали сами, значит, согласились с его условиями.