Почему так? когда перерабатывала каждый день по 2-3 часа - никто не замечал. сегодня ушла раньше на 1 час - замечание?

А потому, что переработкой считаются те часы, когда работодатель официально их оформил приказом. и то, что вы по собственной инициативе перерабатываете, не дает вам право уходить с работы раньше. это работодатель может расценить как нарушение трудовой дисциплины.