Имеет ли право работодатель отказать в приеме на работу за отсутствием регистрации в паспорте?

Да, это его право (не официально закреплённое, а реальное). причём, отсутствие регистрации сразу вызывает негативную реакцию работодателя, какие-то подозрения, сомнения в "благонадёжности" претендента на место. многие фирмы сразу оговаривают, что при устройстве к ним необходима постоянная местная прописка. отказать работодатель может и под любым другим предлогом - но суть отказа будет не в последнюю очередь зависеть от отсутствия регистрации. кому нужны лишние проблемы... к тому же, о каких своих правах вы говорите? он вам пока ничем не обязан, вас трудовой договор не связывает. основание: богатый жизненный опыт.