При подсчете сверхурочных часов учитывается время по больничному листу, слышала оно выбрасывается т.к. оно не выработан

Во время нахождения на б/л вы не выполняете свои трудовые функции поэтому конечно же это время не входит в рабочее время. Если сверхурочные часы у вас подсчитываются ежемесячно, то все верно.