Имеет ли право руководитель фирмы устанавливать свои штрафы в процентном соотношении от з.п. для сотрудников?

Не может работодатель штрафовать, штрафуют только слуги государевы, т.е. разные инспекции, надзоры, прокуратура и суд на основании административного или уголовного кодекса. Ваш шеф к этой категории явно не относится, поэтому никаких штрафов на работников налагать не может. НО, он может не заплатить премию за различные нарушения или заплатить эту премию не в полном объеме. За что и на сколько уменьшается премия должно быть написано в Положении о премировании Вашего предприятия и колдоговоре, если он есть. Меньше той суммы, которая указана в Вашем трудовом договоре, заплатить не могут. Лишают премии на основании приказа, где указывается за какие грехи Вас без премии оставили. Если в каком-либо приказе или другом документе написано слово "штраф", берите этот документ и идите с ним в прокуратуру, там Вашему шефу объяснят, кто может штрафовать, а кто нет.