Нам выплачивают деньги за билеты (за проезд на работу), но высчитывают с них 13 %. Куда обратиться?

Никуда, это такой же доход, как и зарплата. Вот если бы Вам компенсировали использование вашего личного автомобиля в служебных целях, то тогда эта сумма не облагалась бы подоходным, т.к. это не доход. И бухгалтерии себе дороже снимать с вас что-то дважды.