Если на больничном долго и представишь больничный после выхода, будет ли осуществляться выплата человеку, кот. замещает?

Это не ваши проблемы - от вашего отсутствия никак не зависит зарплата человека, который согласился выполнять ваш объём работ: его труд должен быть каким-то образом оформлен - доплата за выполнение этой работы по часам в графике или в процентном соотношении (% - на усмотрение начальства). а возможно, он не был загружен работой по основному месту - вот ему и увеличили нагрузку до норматива. но это вопрос его и руководства, а не ваш.