Будет ли идти стаж для пенсии если работаешь по договору, есть отчисления в пенс. фонд.

Да.
ст. 11 фз-400 "о страховых пенсиях": в страховой стаж включаются периоды работы и (или) иной деятельности, которые выполнялись на территории российской федерации лицами, указанными в части 1 статьи 4 настоящего федерального закона, при условии, что за эти периоды начислялись и уплачивались страховые взносы в пенсионный фонд российской федерации.