Считается ли год в армии как стаж?

А с какой стати должны были быть выплаты? вы же не работали на благо предприятия, более того даже не присутствовали на рабочем месте и получали зарплату срочника, что даже являлось бы нарушением тк как для вас, так и для предприятия. тут даже договор на работу по совместительству не поможет, потому что срочная служба предусматривает полную занятость.
      далее: в связи с призывом на службу в армии есть увольнение по статье тк рф (ст. 83), в связи с которым на время службы трудовой договор прекращается, а в трудовой книжке делается соответствующая запись, которая содержит слово "уволен". таким образом на время службы в армии вас вообще нет в штате. это же означает, что по возвращению с вами надо заключать новый трудовой договор (иногда делают через приостановление и возобновление, но это сомнительной законности процесс). а вот за сохранение вас в штате на время службы может хорошо прилететь предприятию. им это совсем не надо.
      по выплатам всё примерно так же как при увольнении: недостачу по зарплате, если она есть + компенсация за неотгуленный отпуск, если есть + выходное пособие в размере двухнедельного среднего заработка (при соблюдении условий договора). всё это перед уходом в армию должно было быть, естественно.