Имеет ли право на это действо мой начальник?

Уважаемая ! если папка по номенклатуре дел, и ней хранятся документы то же по номенклатуре, то конечно, вы ничего не должны содержать в ней иного, кроме документов по работе. а если папка не по номенклатуре... то ее вообще не должно быть на вашем рабочем месте. так что, возможно, что работодатель и прав.