Работодатель оплачивает дни прохождение медицинской комиссии?

Только если нет вашей вины, в пропуске срока прохождения периодического медосмотра, вместе с другими работниками.
на время прохождения обязательного медицинского осмотра за работниками, которые в соответствии с трудовым кодексом должны проходить такой осмотр, сохраняется средний заработок по месту работы (ст. 185 тк рф). он рассчитывается в порядке, установленном в статье 139 трудового кодекса. работодатель не имеет права допускать к работе сотрудника, который не прошел обследование. основанием служит статья 212 тк рф. при нарушении этого правила трудовая инспекция может оштрафовать организацию на сумму от 30 000 до 50 000 руб.
сотрудник, не прошедший медицинский осмотр, отстранен от работы. если это произошло по вине работодателя, он обязан оплатить сотруднику все время, в течение которого тот был отстранен от работы (ст. 76 тк рф). оплата осуществляется исходя из двух третей средней заработной платы сотрудника. время простоя по вине работника не оплачивается. об этом говорится в статье 157 трудового кодекса.