Начальство говорит, что я работаю у них официально. но трудовой я им не давала и налоговые отчисления не идут.

Согласно ч. 2 ст. 198 тк рф ученический договор с работником данной организации является дополнительным к трудовому договору. следовательно, с работником-учеником первоначально должен быть заключен трудовой договор, по которому физическое лицо принимается на работу для выполнения трудовой функции по какой-либо конкретной профессии и только впоследствии становится учеником, обучающимся этой профессии.

в соответствии со ст. 205 тк рф на учеников распространяется трудовое законодательство, включая законодательство об охране труда. ученики пользуются всеми льготами, установленными для рабочих, профессии которых они осваивают. время обучения засчитывается в трудовой стаж, дающий право на отпуск, пенсию по возрасту и инвалидности, на пособие по временной нетрудоспособности.

но в случае если с лицом, ищущим работу, с которым заключен только ученический договор, и организация еще не состоит в трудовых отношениях, и, соответственно, ученик не является ее работником, то в этом случае сведения об ученичестве в трудовую книжку не вносятся.
правильно, что засомневались. вас обманывают. советую доп. прочитать ст. ст190-208 тк рф. для простоты наберите в поисковик "глава 32 тк рф" она посвящена именно ученическому договору. удачи!