Если я работаю в бюджете и отчисляю в пенсионный фонд,должна ли я платить в пенс фонд тоже являясь ИП

Разумеется. Но даже обязаны. И какое отношение имеет то, что вы работаете в бюджете и платите в ПФ. Вы же ИП и эта другая работа, следовательно, и по ней вы без всякой связи с вашей бюджетной работой вы должны отчислять страховые взносы. Другое дело, если вы сотрудник у ИП. Тогда за вас это должен делать ваш ИМ, то есть, работодатель.