Может ли медкомиссия признать меня не годным к работе не дождавшись результатов после лечения.

Из вашего вопроса неясно - имеет ли отношение медкомиссия по профпригодности к вашему б/л и предстоящей операции. Если у вас при прохождении медкомиссии выявили какой-либо недуг и посадили вас на больничный - это одно, тут будут ждать конечного результата. Если же предстоящая операция к прохождению медкомиссии не имеет отношения - тогда какое медкомиссии дело? Но ситуация неясная, здесь много вопросов.