Подчиненный пишет жалобу на начальника, директору на стол. свидетелей нет, но факт был. чем грозит?

Вы можете сказать, что такого не было, что вы просто поговорили и ничего он не добьётся. а в дальнейшем в подобных ситуациях лучше писать служебную записку о неповиновении на работника, если его неповиновение препятствует рабочему процессу. а если это ваши личные хотелки, то нужно оставлять их при себе.