Сотрудник отказался от прививки от кори и дифтерии на пищевом производстве

Отказаться - имеет право. но работодатель имеет право уволить.
в ст. 5. по фз «об иммунопрофилактике инфекционных болезней» прямо указывается право граждан на отказ от профилактических прививок.

правда, ниже в той же ст. 5 фз указывается, то отсутствие профилактических прививок повлечет за собой:
-отказ от приема на работу, выполнение которой связано с рисками заболевания инфекционными болезнями.
-отказ (временный) от приема в оздоровительные учреждения, если есть риск массовых эпидемий или инфекционных заболеваний.
-запрет на выезд в определенные государства (если пребывание в таких государствах требует наличия у гражданина конкретных профилактических прививок).
- отстранение от работы, связанной с высокими рисками заболевания инфекционными болезнями.
-отказ (временный) от приема в образовательные организации в случае эпидемий или же в случае их угрозы.